Учрежден в 1995 году в результате реализации масштабного проекта ЮНЕСКО по Великому шелковому пути. Странами-учредителями являются Иран, Китай, Турция, Пакистан, Корея, Азербайджан, Казахстан, Кыргызстан, Таджикистан, Узбекистан. В 2020 году присоединилась и Монголия. Основной целью деятельности МИЦАИ является привлечение мирового сообщества к решению проблем историко-культурного развития стран Центральной Азии и укрепление сотрудничества местных ученых с их зарубежными коллегами посредством организации междисциплинарного изучения региона.

ведет свое начало с 1954 года. За эти годы он стал главным центром исторических исследований в стране. В структуре института функционирует Центр культурного наследия, который проводит работу по инвентаризации, систематизации и оцифровке компонентов культурного наследия, по переводу традиционной документации в электронную. В 2004–2006 годы институт являлся ведущим научным учреждением по подготовке номинации «Священная гора Сулайман-Тоо», которая в 2009 году была включена в Список Всемирного природного и культурного наследия ЮНЕСКО и стала первым объектом Кыргызстана, вошедшим в этот престижный перечень лучших памятников человечества. Институт также принимает участие в подготовке серийной транснациональной номинации ЮНЕСКО «Памятники Великого Шелкового пути». Сотрудничает с целым рядом научных учреждений из России, Китая, Японии, Англии, Турции, а также с различными международными организациями и учреждениями, в числе которых и МИЦАИ (Самарканд).

учреждена и зарегистрирована в Министерстве юстиции Кыргызской Республики в декабре 2004 года. Учредителями ЦКН являются сотрудники ИИАиЭ. В соответствие с Уставом, основной целью ЦКН является содействие государству в развитии и качественном улучшении деятельности по выявлению, исследованию, сохранению, использованию и управлению объектов историко-культурного наследия страны. Приоритетные направления деятельности ЦКН – разработка и реализация проектов по исследованию, реставрации, консервации и музеефикации объектов историко-культурного наследия; участие в комплектовании музейных фондов, создании новых экспозиций и тематических выставок; проведение научных семинаров и конференций; подготовка и публикация научных и популярных изданий.
С 2006 по 2020 гг. ЦКН реализовал ряд проектов ИКОМОС, ЮНЕСКО, МИЦАИ – документирование местонахождений петроглифов Таласской, Джалал-Абадской и Ошской областей в рамках исследований наскального искусства Центральной Азии; разработка менеджмент-плана объекта Всемирного наследия ЮНЕСКО «Священная гора Сулайман-Тоо» (г. Ош); проведение серии обучающих семинаров для молодых специалистов Кыргызстана и стран центральноазиатского региона совместно с Национальным научно-исследовательским институтом культурных ценностей (NRICPT, Токио); проведение международной конференции «Эпоха Юсуфа Баласагуни: история, литература, материальная культура» (грант МИЦАИ). В настоящее время ЦКН завершает проект «Наследие Кыргызстана в музеях и научных учреждениях Санкт-Петербурга и Москвы» (грант МИЦАИ).